Uno de los problemas principales que ha llevado al estudio, selección y posterior producción de aminoácidos es obtenerlos en el estado puro, libre, óptica y biológicamente activo.

La rapidez de la racemización, la dificultad de mantener un estado activo durante largos períodos de tiempo, el mantenimiento de la pureza y la dificultad de un proceso de producción sin desechos son las barreras para la producción industrial en serie. La calidad del producto a base de los aminoácidos está directamente conectada con el método de conseguirlo. En general, los métodos usados - el hidrólisis de proteínas con las diversas variantes existentes y la fermentación utilizando microorganismos de fermentación específicos - se usan para romper los enlaces de proteínas y péptidos y para liberar aminoácidos. La cantidad de los metales pesados, formados durante el proceso tecnológico, la imposibilidad de obtener productos con un perfil estable de los aminoácidos específicos, así como las ambiguas garantías sanitarias de las materias primas (residuos de animales principalmente) son los factores principales que limitan la producción de un producto de calidad.